Большую роль в развитии Зоологического музея сыграл проф. А.П. Богданов, руководивший им с 1863 по 1896 гг. В этот период фонды были разделены на экспозиционные, учебные и научные, начата систематическая учетная работа с ними. В 1866 г. музей был открыт как публичный, к концу столетия его экспозицию посещали до 8000 человек в год.

В 1898-1901 гг. специально для Зоологического музея, который возглавил проф. А.А.Тихомиров, по проекту акад. Быковского было возведено здание на углу Большой Никитской ул. и Долгоруковского (Никитского) пер., сохранившееся без конструкционных изменений по сей день. В 1911 г. в Верхнем зале была открыта для посещения новая систематическая экспозиция.

В 70-80-х гг. двадцатого века (директор О.Л.Россолимо) музей претерпел полную реконструкцию. За счет освобождения “крыльев” здания, занятых под жилые помещения, была увеличена площадь фондохранилищ, разгружены экспозиционные залы.

Научная часть музея в настоящее время включает 7 секторов: зоологии беспозвоночных животных, энтомологии, ихтиологии, герпетологии, орнитологии, териологии, эволюционной морфологии. Численность научных штатов - 26 человек.

Ежегодно издаются труды музея под общим названием “Исследования по фауне” (вышло 34 тома), публикуются научные монографии (за последние годы не менее 20, среди них фундаментальная сводка “Млекопитающие Евразии”), каталоги коллекций (в первую очередь типовых, также Демидовской коллекции моллюсков), методические пособия по их хранению. При поддержке музея издаются 4 научных журнала в области зоологии.

По объему фондов Зоологический музей МГУ входит в число первых десяти крупнейших музеев мира по данному профилю, занимает второе место в России (после Зоологического института РАН в Санкт-Петербурге). Его научные фонды в настоящее время включают более 4,5 млн. единиц хранения. Ежегодный прирост научных коллекций - около 25-30 тыс. ед. хранения. Особое научное значение имеет коллекция типовых экземпляров (около 7 тыс. ед.хр.), документирующих открытия новых для науки таксонов животных - видов и подвидов, которых на основе коллекций музея за всю его историю описано более 5 тысяч.

Большую историческую ценность имеют: коллекция раковин моллюсков, принадлежавшая П.Г. Демидову, с которой начался Кабинет естественной истории; собрание насекомых Г. Фишера, послужившее основой для написания им знаменитой “Энтомографии”; немногочисленные экспонаты птиц и млекопитающих, во времена Г. Фишера и К. Рулье демонстрировавшиеся на занятиях со студентами и публичных лекциях (например, череп горной гориллы, имеющий инвентарный №1); сборы Н.А. Северцова и А.П. Федченко второй половины XIX столетия, организовавших первые систематические исследования горных территорий Средней Азии.

Среди более поздних поступлений большое значение для исследований по систематике имеют: всемирно известные коллекции жуков В.И. Мочульского и бабочек А.В. Цветаева; коллекция наземных и морских беспозвоночных, собранная Семпером в конце прошлого столетия на Филиппинах и до недавнего времени считавшаяся утраченной; сборы млекопитающих и птиц из Перуанской Амазонии, Вьетнама, Монголии; зоологическая коллекция птиц Палеарктики.

Научная библиотека музея насчитывает около 200 тыс. ед.хр., преимущественно специализированных изданий по зоологии. Среди особо ценных - прижизненные издания конца XVIII - начала XIX вв. К. Линнея, Ж.-Б. Ламарка, Г. Фишера. Достопримечательность библиотеки - книги и оттиски из личных собраний ученых-зоологов С.И. Огнева, Н.И. Плавильщикова, Г.П. Дементьева и др.

В современной экспозиции выставлено около 7,5 тыс. экспонатов. Общий принцип ее построения сохранен прежним: два зала отведены под систематическую часть, один эволюционно-морфологический. В Нижнем зале размещены беспозвоночные, рыбы, амфибии и рептилии. В Верхнем зале птицы и млекопитающие. Ключевая концепция систематической экспозиции - демонстрация таксономического разнообразия животных мировой фауны. Задача эволюционной экспозиции - демонстрация действия основных законов и правил макро-эволюционных преобразований морфологических структур.

В экспозиции выставлены преимущественно представители массовых видов. Наряду с этим, имеются и уникальные объекты: например, полный скелет стеллеровой коровы, чучело странствующего голубя (оба эти вида были истреблены человеком 200 лет назад). Среди экспонатов, особо привлекающих посетителей, можно отметить два чучела большой панды - одного из редчайших животных, коллекции очень ярких и крупных тропических бабочек и жуков; наконец, изготовленные около 100 лет назад ажурные скелеты позвоночных животных.

Основу экспозиции составляют натурные объекты: чучела и скелеты наземных позвоночных животных, фиксированные в спирте тотальные экземпляры рыб, амфибий и водных беспозвоночных, высушенные и расправленные насекомые. Также используются элементы ландшафтного принципа: некоторые объекты смонтированы на имитациях естественного субстрата. Натурные объекты сопровождаются схемами и текстами, несущими информацию о таксономическом положении, распространении, особенностях биологии и морфологии, принципах действия отдельных морфологических структур.

Многим чучелам и препаратам - десятки лет. Они изготовлены такими выдающимися мастерами-таксидермистами, как Ф.Лоренц, позднее - В. Федулов, Н. Назьмов, В. Радин.

В музее имеется художественный фонд, включающий более 400 рисунков и картин выдающихся отечественных художников-анималистов: В.А. Ватагина, А.Н. Комарова, Н.Н. Кондакова, Г.Е. Никольского и др. Часть картин выставлена в постоянной экспозиции.

Адрес: 103009 Москва К-9, ул. Большая Никитская, д. 6.